فازت مستشفى مصر للطيران بجائزة أفضل مستشفى لعام ٢٠١٦ فى مجال التسويق لبرامج السياحة العلاجية، وذلك فى مؤتمر السياحة الطبية العالمى (WHYC) الذى انعقد هذا الأسبوع فى مدينة دبى، وهى المرة الثانية، وكانت قد سبق لها الفوز فى عام ٢٠١٤ بجائزة النجم الصاعد عن نفس العام وسط منافسات قوية، وجاء هذا الفوز بعد تقديم ملف كامل عن إمكانيات المستشفى والتطوير الذى تم فى الأجهزة للمساعدة فى التشخيص والعلاج وبالإضافة إلى الشراكات الطبية مع مستشفيات عالمية فى أوروبا.